სისხლის სამართლის მართლმსაჯულების სისტემის რეფორმის უწყებათაშორისი საკოორდინაციო საბჭოს ფარგლებში შექმნილია  სამუშაო ჯგუფები შემდეგი მიმართულებებით:

• სისხლის სამართლის კანონმდებლობა;
• არასრულწლოვანთა მართლმსაჯულება;
• პენიტენციური სისტემის რეფორმა;
• პრობაციის სისტემის რეფორმა;
• იურიდიული დახმარების სამსახური;
• პოლიციის რეფორმა;
• პროკურატურის რეფორმა;
• სასამართლო რეფორმა;
• სისხლის სამართლის სისტემაში რესოციალიზაცია რეაბილიტაცია
• განაჩენის აღსრულების გადავადება (ad hoc);
• სისხლის სამართლის სტატისტიკა (ad hoc).

 
სამუშაო ჯგუფები წარმოადგენენ საბჭოს ფარგლებში არსებულ ინსტიტუციონალურ ორგანოს, რომელთა შეხვედრები იმართება რეგულარულად. სამუშაო ჯგუფების შემადგენლობაში შედიან შესაბამისი სახელმწიფო უწყებების, დონორი/საერთაშორისო ორგანიზაციების, არასამთავრობო სექტორის წარმომადგენლები და ასევე დამოუკიდებელი ექსპერტები. სამუშო ჯგუფის მანდატი მოიცავს შემდეგ ფუნქციებს:

• შესაბამისი მიმართულების სტრატეგიისა და სამოქმედო გეგმის შემუშავება;
• შესაბამის სფეროებში საკანონმდებლო ცვლილებებისა და კანონპროექტების განხილვას;
• სხვადასხვა საკითხების განხილვასა და საბჭოს წინაშე წარდგენას;

 
ზემოთხსენებულ პრიორიტეტულ სფეროებში სამუშაო ჯგუფების შექმნა განპირობებული იყო მიმდინარე რეფორმების დეტალურად განხილვის მიზნით. კერძოდ, 2009 წლის სტრატეგია და სამოქმედო გეგმა განსხვავებით 2005 წლის სტარატეგიისა, მოიცავდა ახალ კომპონენტებს - არასრულწლოვანთა მართლმსაჯულება და პრობაცია. ასევე, პენიტენციური სისტემის ინსტიტუციონალურმა გამოწვევებმა საჭირო გახადა სრულყოფილი სტრატეგიის შემუშავება; ამასთან,  იურიდული დახმარების სამსახური წარმოადგენდა ახლად შექმნილ ინსტიტუტს.
 
2009 წელს ასევე შეიქმნა დროებითი სამუშაო ჯგუფი სისხლის სამართლის სტატისტიკის მიმართულებით, რომლის მიზანი იყო სისხლის სამართლის სტატისტიკის მეთოდოლოგიის შემუშავება. სამუშაო ჯგუფის კოორდინირებული მუშაობით შემუშავდა აღნიშნული მეთოდოლოგია და გაფორმდა ურთიერთგაგების მემორანდუმი შესაბამის უწყებებს შორის.
 
2010 წელს საბჭომ მიიღო გადაწყვეტილება შექმნილიყო დამატებით სამუშაო ჯგუფები უწყებათაშორისი კოორდინაციის გაუმჯობესებისა და მიმდინარე რეფორმებზე ინფორმაციის გაცვლისა და საზოგადოებრივი ცნობიერების ამაღლების მიზნით. სამუშაო ჯგუფები შეიქმნა შემდეგი მიმართულებებით: სისხლის სამართლის კანონმდებლობა, პოლიციის რეფორმა, სასამართლოს რეფორმა, პროკურატურის რეფორმა.
 
2013 წელს საბჭოს ფარგლებში არსებულ სამუშაო ჯგუფებს დაემატა ორი სამუშაო ჯგუფი:  მსჯავრდებულთა რესოციალიზაცია/რეაბილიტაციის მიმართულებით, რომლის  უშუალო კოორდინაციას ახორციელებს დანაშაულის პრევენციისა და ინოვაციური პროგრამების ცენტრი და ad hoc სამუშაო ჯგუფი განაჩენის აღსრულების გადავადებასთან დაკავშირებით. აღნიშნულ სამუშაო ჯგუფს ხელმძღვანელობდა სასჯელაღსრულებისა და პრობაციის მინისტრის მოადგილე.
 
ყოველ საუშაო ჯგუფს ჰყავს თავისი მომხსენებელი, რომელიც ხელმძღვანელობს სამუშაო ჯგუფის საქმიანობას. მომხსენებლის ფუნქციებია:

• ჯგუფის მუშაობის კოორდინაცია;
• სამუშაო ჯგუფის სტარტეგიის და სამოქმედო გეგმის, მათ შორის ფინანსური მხარის გაწერა, განახლება (ჯგუფთან ერთად);
• სამოქმედო გეგმის შესრულების მონიტორინგის ინსტრუმენტის შედგენა და შევსება;
• სტრატეგიისა და სამოქმედო გეგმის შესრულებაზე პერიოდული ანგარიშების შემუშავება და სამდივნოსთვის წარდგენა (სამდივნო ამოწმებს ანგარიშის სისრულეს და ადგენს ყველა ჯგუფის კონსოლიდირებულ ანგარიშს);
• სამუშაო ჯგუფის სხდომის დღის წესრიგის შემუშავება;
• სამუშაო ჯგუფთან კომუნიკაციის წარმოება, მათ შორის ანგარიშის შედგენის მიზნით კონკრეტული აქტივობების შესრულების შესახებ ინფორმაციის გამოთხოვა უწყებებიდან და დონორებთან კომუნიკაცია საჭიროებისამებრ.

 
სამუშაო ჯგუფების მომხსენებლებია:

1. სისხლის სამართლის კანონმდებლობა - ალექსანდრე ბარამიძე (იუსტიციის მინისტრის მოადგილე); იოსებ ბარათაშვილი ( საქართველოს ადვოკატთა ასოციაცია);
2. არასრულწლოვანთა მართლმსაჯულება - ჯონი კვინიკაძე ( იუსტიციის სამინისტრო); საშა გრაუმანი (გაეროს ბავშვთა ფონდი);  
3. პენიტენციური სისტემის რეფორმა - გოგი გახარია ( სასჯელაღსრულებისა და პრობაციის სამინისტრო);
4. პრობაციის სისტემის რეფორმა - გიორგი არსოშვილი (პრობაციის ეროვნული სააგენტო);
5. იურიდიული დახმარება - ალექსანდრე ბარამიძე (იუსტიციის მინისტრის მოადგილე); მელიტონ ბენიძე ( იურიდიული დახმარების სამსახური);  
6. პოლიციის რეფორმა - ეკატერინე მაჭავარიანი ( შინაგან საქმეთა სამინისტრო);
7. პროკურატურის რეფორმა - ნათია მეზვრიშვილი (მთავარი პროკურატურა);
8. სასამართლო რეფორმა - თეა წულუკიანი (იუსტიციის მინისტრი); მერაბ გაბინაშვილი (თბილისის სააპელაციო სასამართლო);
9. სისხლის სამართლის სისტემაში რესოციალიზაცია რეაბილიტაცია - ჯონი კვინიკაძე (იუსტიციის სამინისტრო);
10. განაჩენის აღსრულების გადავადება (ad hoc)- არჩილ თალაკვაძე( სასჯელაღსრულებისა და პრობაციის მინისტრის მოადგილე);
11. სტატისტიკა (ad hoc) - რუსუდან მიხელიძე ( იუსტიციის სამინისტრო).

 
 მონიტორინგის ინსტრუმენტები 2013
მონიტორინგის ინსტუმენტები 2014

 არასრულწლოვანთა მართლმსაჯულების სამუშაო ჯგუფი:

 სასჯელაღსრულების სისტემის რეფორმის სამუშაო ჯგუფი:

პრობაციის სამუშაო ჯგუფი 

იურიდიული დახმარების სამუშაო ჯგუფი:

სასამართლო რეფორმის სამუშაო ჯგუფი:

სისხლის სამართლის კანონმდებლობის სამუშაო ჯგუფი:

ევროპის საბჭოს შედარებითი ანალიზი ნაფიც მსაჯულთა სასამართლო ინსტიტუტზე
სისხლის სამართლის კოდექსის გადასინჯვის კონცეფცია
 

პროკურატურის რეფორმის სამუშაო ჯგუფი:

Ad Hoc სამუშაო სამუშაო ჯგუფი: